口腔顔面痛は原因別に大きく７つに分類されます。まず口腔中に病変がある場合、顎関節や咀嚼筋などに原因がある筋骨格性の痛み、口腔周囲（目・鼻・耳など）に病変がある場合、頭の中（頭蓋内）に病変がある場合、また三叉神経痛や持続的神経痛などの神経性、片頭痛や脳内出血などによる神経血管性、そして心理的・感情的要因によって起こる心因性のものがあります。
口腔内の病変
口腔を構成している諸組織、すなわち歯や歯肉、歯槽粘膜、顎骨、舌、頬、口唇、口蓋、口底の病気や異変です。 虫歯、歯周病、象牙質知覚過敏、歯牙破折、口内炎、口腔扁平苔癬、顎骨骨折など。
筋骨格性の痛み（顎関節症を含む）
歯科の病気以外の痛みでは、咀嚼筋と顎関節に由来したものが最も多く見られますが、最近では首や肩など頚部の痛みを訴えるケースが増えています。特に、顎関節症はこの20年来15歳〜20歳代の女性に急増しており（男女比１：９）、周辺部を含めた慢性的な痛みに加えて感覚の異常を訴えるケースが目立っています。
咀嚼筋、顎関節、それらに関連した組織など
