大隅教授がノーベル賞を受賞した理由はオートファジーを研究する有力な手がかりを見つけたことです。それはオートファジーに関連するapg1遺伝子を発見したことで、その後14種類の遺伝子を見つけました。遺伝子が見つかればその遺伝子がコードするタンパク質も見つけることができ、そのタンパク質の性質を調べることができます。
遺伝子を探すには分子生物学の手法であるDNAを探すサザンブロッティングやRNAを探すノーザンブロッティングがあり、このような方法を工夫して発見されたのでと思っていました。ところがこのような方法ではコンタミネーションといってオートファゴソーム内にあるタンパク質や細菌の情報ばかりが検出されて肝心のオートファゴソームの遺伝子が見つからなかったそうです。オートファジーはたんぱく質を分解する時期だけ現れる不安定な細胞内小器官（オルガネラ）であることも遺伝子の探索を難しくしていました。
大隅教授が用いたのは分子生物学的手法ではなく遺伝学の手法でした。酵母に突然変異誘起剤で処理し、オートファジーを起こさない酵母を作り出しました。この突然変異株の遺伝子を調べ、どの部分が異常を起こしているかがわかり、その遺伝子apg1がオートファジーにかかわっていることを発見したのです。
